Sekolah Usaha Perikanan Menengah (SUPM) Negeri Waiheru Ambon merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis (UPT) Badan Pengembangan SDM Kelautan dan Perikanan, Kementerian Kelautan dan Perikanan dari 8 (delapan) SUPM yang ada di Indonesia.
Sekolah ini mulai didirikan pada tahun 1986 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertanian Nomor : DL. 210/144/III/86 dengan nama Sekolah Pertanian Pembangunan (SPP), dimana operasional kegiatan pendidikan dimulai pada tahun Ajaran 1986/1987. Setalah dimekarkan Departemen Kelautan dan Perikanan dari Departemen Pertanian pada tahun 2000, maka SPP dialihkan ke DKP dengan nama Sekolah Usaha Perikanan Menengah (SUPM) Negeri Waiheru yang sekarang bernaung dibawah dan bertanggung jawab kepada Badan Pengembangan SDM Kelautan dan Perikanan DKP.
Bersamaan dengan Pendirian sekolah ini, pembangun asrama juga didirikan pada tahun 1986. Adapun nama- nama Asrama SUPM Negeri Waiheru Ambon sebagai berikut:
Nama – Nama Asrama SUPM Negeri Waiheru Ambon
ASRAMA GLACILARIA
Asrama glacilaria didirikan pada tahun 1986.Luas asrama ini sekitar 369 m2.Terdiri dari 10 kamar yang masing- masing kamar terdiri dari 8 orang. Lokasi Asrama Glacilaria berada disamping Maritime English, berhadapan dengan Pintu utara ruang dapur. Asrama ini dihuni oleh siswa tingkat I SUPM Negeri Waiheru Ambon dan 1 Penanggung Jawab Asrama.
ASRAMA MACKERAL
Asrama Mackeral adalah asrama kedua yang dibangun oleh SUPM Negeri Waiheru Ambon. Luas Asrama ini adalah 369 m2.asrama ini terdiri dari 18 kamar yang merupakan kamar kecil ada 16 kamar, yang dihuni oleh 4 0rang sedangkan kamar besar ada 2 kamar dimana tiap kamarnya terdiri dari 8 orang. Lokasi asrama ini berada di sebelah utara berhadapan dengan asrama Glacilaria, disebelah timur berbatasan dengan asrama aster, di sebelah selatan berhadapan dengan Ruang kesiswaan.Asrama ini dihuni oleh Siswa tingkat II SUPM Negeri Waiheru dan 1 orang Penanggung Jawab Asrama.
ASRAMA YELLOWFIN
Asrama yellowfin merupakan asrama dengan gedung dua lantai dimana lantai bawah di huni oleh siswa tingkat I sedangkan Lantai II di huni oleh siswa Tingkat III SUPM Negeri Waiheru Ambon. Asrama ini terdiri dari 10 kamar dilantai bawah dan 10 kamar di lantai atas. Luas Asrama ini adalah sekitar 369 m2x 2.Setiap kamar dihuni oleh siswa sebanyak 8 0rang.
ASRAMA ASTER
Asrama Aster adalah satu- satunya Asrama Putri yang ada di SUPM negeri Waiheru Ambon. Asrama ini berlokasi di dekat Rumah Pegawai bersampingan dengan Mesjid Al- Abraar (Mesjid SUPM Negeri Waiheru Ambon.)Luas Asrama ini sekitar 369 m2 yang terdiri dari 12 kamar tidur dimana setiap kamar dihuni oleh siswi masing- masing 10 orang.Selain kamar untuk siswi, ada juga ruangan yang disiapkan untuk penanggung jawab asrama putri.
Keunggulan Asrama SUPM Negeri Waiheru Ambon.
a. Lantai Asama SUPM Negeri Waiheru Ambon terbuat dari tehel . dan memiliki masing masing Kamar mandi terstandar.
b. Setiap asrama SUPM Negeri Waiheru Ambon memiliki CCTV yang bertujuan untuk mengetahui kegiata apa saja yang ada d asrama
c. Setiap siswa yang menghuni asrama- asrama di SUPM Negeri Waiheru Ambon merasa aman karena diawasi oleh Pembimbing asrama disetiap asrama.
d. Pada Asrama Aster terdapat ruang keputrian untuk kegiatan keputrian dan kegiatan siswi lainnya.
Manfaat yang di dapat selama berasrama di SUPM Negeri Waiheru Ambon
a. Terjadi kekompakan antar siswa satu dengan lainnya yang timbul akibat selalu bersama beraktifitas
b. Dapat menggunakan Fasilitas yang ada di SUPM Negeri Waiheru Ambon seperti Fasilitas Olahraga, misalnya penggunaan Lapangan Volley, Basket, Badminton, Futsal, serta RUang Fitness dan Alat- alat fitness.
c. Siswa yang Berasrama di SUPM Negeri Waiheru Ambon dapat menggunakan Wifi SUPM Negeri Waiheru Ambon untuk memperlancar belajar di asrama.
d. Dapat mengikuti kegiatan yang telah dijadwalkan , baik proses belajar mengajar maupun kegiatan ekstrakurikuler dengan baik.
e. Dapat mempersatukan karakter, budaya dan kebiasaan yang pluaralisme.
f. Dengan berasrama di SUPM Negeri Waiheru Ambon maka siswa tidak akan terlambat dalam mengikuti kegiatan.
g. Bagi siswa yang berasal dari luar kota ambon, mmdereka akan merasa tenang berada di asrama selama mengikuti proses pendidikan di SUPM Negeri Waiheru Ambon.
h. Dapat menikmati fasilitas gratis yang telah disiapkan oleh Pemerintah dalam hal ini Kemeenterian Kelautan dan Perikanan(KKP).