Perpustakaan SUPM Negeri Waiheru adalah salah satu perpustakaan yang menarik.Bangunannya cukup luas dan bagus.Perpustakaan ini terletak di antara ruang kelas dan laboratorium kimia. Fasilitas yang ada di perpustakaan ini cukup lengkap, yakni meliputi meja petugas, kursi petugas, meja diskusi, meja baca dan kursi pengunjung serta komputer. Di dalam gedung dilengkapi dengan AC yang dapat membuat ruangan terasa sejuk dan nyaman.Selain itu, ruangan ini juga dilengkapi dengan Home Theater.
Perpustakaan SUPM Negeri Waiheru melayani pengunjung dari hari Senin sampai Sabtu pada saat jam kerja dan terbuka juga untuk umum. Perpustakaan ini memiliki koleksi buku yang cukup lengkap.Hampir semua buku penunjang untuk guru dan siswa ada di perpustakaan ini.Mulai dari buku untuk jurusan NPL, TPL, TPHP, TBP, koleksi umum, majalah, jurnal, dan laporan siswa.Selain itu, perpustakaan ini juga mendapat hibah dari guru dan alumni sehingga jumlah koleksinya semakin bertambah.Semua koleksi buku tertata rapi karena ditempatkan sesuai dengan judul dan klasifikasinya.Untuk dapat mengakses perpustakaan, setiap anggota diberikan kartu anggota perpustakaan.
Perpustakaan SUPM Negeri Waiheru mempunyai beberapa keunggulan, antara lain (1) sebagai tempat browsing bagi guru maupun siswa, (2) sebagai tempat mencari informasi bagi guru, siswa, dan pengunjung umum, (3) sebagai tempat mencari tugas bagi siswa, (4) sebagai sarana berkumpul atau berdiskusi bagi guru dan pegawai