SUPM Negeri Waiheru – Ambon sebelumnya bernama Sekolah Pertanian Pembangunan (SPP) Negeri Waiheru – Ambon adalah merupakan UPT Badan Pengembangan Sumberdaya Manusia Pertanian – Departemen Pertanian.
Berdasarkan Keppres No. 136 Tahun 1999 sebagaimana telah diubah dengan Keppres No. 136 Tahun 1999 terbentuklah Departemen Eksplorasi Laut dan Perikanan. Dalam rangka menghindari duplikasi dan ketidakefesienan penanganan kegiatan perikanan serta guna lebih kerangka pembangunan kelautan dan perikanan, maka sesuai dengan Persetujuan Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara No. 250/M.PAN/7/2000 tanggal 19 Juli 2000, seluruh instansi perikanan yang selama ini dibawah Departemen Pertanian (termasuk didalamnya SPP Negeri Waiheru – Ambon) dialihkan ke Departemen Eksplorasi Laut dan Perikanan.
Selanjutnya, guna lebih memantapkan kedudukan, tugas dan fungsi seluruh Sekolah Pertanian Pembangunan (SPP) Negeri Bidang Perikanan ditetapkanlah organisasi dan tata kerja SPP Negeri melalui Keputusan Menteri Eksplorasi Laut dan Perikanan No. 78 Tahun 2000 tanggal 31 Juli 2000.
Didalam perjalanannya nomenklatur Departemen Eksplorasi Laut dan Perikanan diubah menjadi Departemen Kelautan dan Perikanan. Untuk lebih menyelaraskan antara tugas dan fungsi institusi dengan nomenklatur mana nama Sekolah Pertanian Pembangunan (SPP) Negeri Wiheru Ambon diubah menjadi Sekolah Usaha Perikanan Menengah (SUPM) Negeri Ambon melalui Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan No. KEP.26L/MEN/2001 Tahun 2001 tanggal 1 Mei 2001.
SUPM Negeri Waiheru – Ambon adalah sebagai Unit Pelaksana Teknis Pusat Pendidikan Kelautan dan Perikanan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan Departemen Kelautan dan Perikanan, dan sehari-hari dibina oleh Kepala Pusat Pendidikan Kelautan dan Perikanan.
SUPM Negeri Waiheru – Ambon mempunyai tugas melaksanakan pendidikan menengah kejuruan di bidang perikanan sesuai dengan peraturan dan perundang-undangan yang berlaku guna menghasilkan tenaga teknisi menengah perikanan yang bermoral, berjiwa bahari dan wirausaha, memiliki etos kerja yang tinggi, siap memasuki lapangan kerja, mengembangkan sikap profesional, sehingga mampu berperan serta dalam melaksanakan pembangunan perikanan. Organisasi dan Tata Kerja SUPM Waiheru Ambon diatur dalam Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan No.88 tahun 2020